Program Studi Pendidikan Guru Madarasah Ibtidaiyah (Prodi PGMI) sebenarnya bukan merupakan Prodi baru di Fakultas Tarbiyahdan Kefuruan UIN Sulthan Thaha Saifuddin Jambi karena D II PGMI pada tahun 2000 sudah pernah berdiri hanya saja eksistensinya tidak berlangsung lama karena peraturan menteri pendidikan yang mewajibkan semua guru dari taman kanak-kanak sampai dengan sekolah menengah atas minimal memiliki pendidikan strata satu (S1). Prodi PGMI kembali menerima mahasiswa pada tahun akademik 2007/2008 dan segera melakukan proses pengurusan ijin penyelenggaran Prodi PGMI ke Jakarta pada tahun 2007 tepatnya pada tanggal 10 Juli 2007 Dirjen Pendidikan Islam Depag RI mengeluarkan Surat Keputusan Direktur Jendral Pendidikan Islam nomorDj-I/257/2007tentang Izin Penyelenggaraan Program Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah (PGMI) jenjang strata satu (S1) pada Perguruan Tinggi Agama Islam (PTAI) selama 2 (dua) tahun yang pada saat itu hanya berjumlah 62 Prodi S1 PGMI pada PTAIN maupun PTAIS seluruh Indonesia yang terdiri dari 23 PTAIN dan 39 PTAIS. Pada saat itulah Prodi S1 PGMI Fakultas Tarbiyah dan Keguruan menjadi program studi terbaru pada jenjang Strata Satu (S1) yang berdiri di bawah Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan IAIN Sulthan Thaha Saifuddin Jambi. Berdirinya program studi ini tidak terlepas dari hasil kerja sama Departemen Agama RI yang sekarang menjadi Kementerian Agama RI, IAIN Sulthan Thaha Saifuddin Jambi dan Pemerintahan Australia yang diimplementasikan dengan nama LAPIS-PGMI (Learning Assistance Program for Islamic Schools – Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah) yang berkantor di gedung Laboratorium Fakultas Tarbiyah lantai II. LAPIS-PGMI telah bekerja sama dengan 7 (tujuh) PTAI (Perguruan Tinggi Agama Islam) di Indonesia dengan bentuk kemintraan dalam konsorsium. 
Hingga periode ini (mulai 2007-2020), pengelolaan Program Studi Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah UIN STS Jambi jenjang S.1 telah mengalami empat kali perubahan manajemen. Periode permulaan, yaitu tahun 2007-2014, Prodi PGMI dikawal oleh Dr. Minnah El Wida, M.Pd sebagai Kepala Prodi dan Kartubi, S.Ag, M.Fil.I sebagai sekretarisnya. Merekalah yang meletakkan dasar arahan ke depan tantang Prodi PGMI sebagai salah satu program unggulan di IAIN STS Jambi. Periode berikutnya berubah seiring berakhirnya masa bakti 2007-2014. Perubahan kepemimpinan PGMI, dilanjutkan oleh Dra. Umil Muhsinin M.Pd sebagai Ketua Program Studi PGMI, dan Drs. Mahluddin, M.Pd.I sebagai sekretaris Program studi GMI. Tahun 2017-2019 Ketua Program Studi PGMI Dr. Mahluddin, M.Pd sekretaris Prodi Dr. Sholahuddin, M.Pd.I. Periode Tahun 2020-2023 Ketua Program Studi PGMI Ikhtiati, M.Pd.I sekretaris Prodi Nasyariah Siregar, M.Pd.I. Periode Tahun 20224-sekarang Ketua Program Studi Dr. Nasyariah Siregar, M.Pd.I dan Sektertarisnya Muhaiminah Jalal, M.Pd.
Program Studi Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah (PGMI) adalah Program Studi yang dibentuk dari kepedulian Fakultas Tarbiyah dan Keguruan dalam meningkatkan mutu guru MI. PGMI bertujuan untuk menghasilkan calon-calon guru kelas di MI yang memiliki kompetensi paedagogik, kepribadian, professional, dan sosial. Kompetensi seperti ini diharapkan dapat memenuhi kebutuhan masyarakat terhadap dunia pendidikan dan dapat menjawab tantangan sebagai akibat akselerasi perkembangan Ilmu Pengetahuan dan Teknologi. PGMI menyediakan layanan pendidikan S1 sesuai dengan amanat dari PP 19 tahun 2005 tentang Standar Nasional Pendidikan, yang menyebutkan persyaratan guru MI berijazah D4 atau S1. Layanan pendidikan S1 diberikan secara regular untuk siswa lulusan SLTA dan non regular untuk lulusan D2/D3.